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種子的好壞，影響著種苗的發芽，生長乃至結果，進而影響作物的收成。因此，種子的選擇是成功的第一步，也是成功的一半。沒有良好的開端，作物的高產也就成了扯談。那么種子的選擇，我們需要做好哪些呢？

要根據生長季節、栽培方式、市場需求選擇合適的番茄品種。優良的番茄品種應具有抗病、豐產、優質等特點。同時還要檢查種子的成熟度、飽滿度、機械損傷度、發芽率及發芽勢等項指標。當在選擇優秀的種子時，第一步可以先借助種子風選儀，對種子進行初步選擇。種子風選儀是根據物質微粒在氣流中的空氣動力學行為(飄浮速度) 對樣品進行分類。樣品最后會被分成兩部份：雜質部分(收集于頂部雜質室)，以及種子部分(收集于樣品盒中) 。合格的番茄種子其種子凈度應高于98%（種子凈度可用種子凈度工作臺進行凈度分析），種子色澤純正、無霉變，純度高于95%，發芽率高于88%，水分含量低于8%，為此選購種子應到信譽較高的科研單位或種子部門購種，嚴防購得假冒劣種子造成經濟損失。

種子千粒重是種子飽滿度的主要標志，若千粒重低于下限數字則不宜在生產上使用。一般大果型番茄種子的千粒重在3.2克左右。 種子千粒重的測定需要經過數粒，此時可以借助自動數粒儀對種子進行數粒。

為了提高番茄種子在生產利用的年限，應在種子貯藏過程中，盡量創造良好的條件，延長種子壽命。種子貯藏時，要使種子充分干燥，貯藏庫的空氣相對濕度盡量降低，溫度一般在5℃以下。一般番茄種子的壽命3～6年，在生產上利用年限2～3年。